Структура Филиала состоит из трех блоков (Рисунок 184):
- оперативные управления, специалисты которых ведут мониторинг санитарно-эпидемиологической ситуации с целью выявления биологических, химических и радиационных Рисунокков; проводят анализ полученных данных и прогнозирование ситуации; Управлением международного сотрудничества, менеджмента образовательных и научных программ осуществляется организация поиска научных и образовательных грантов и участия в них, мониторинг реализации международных грантов и других научно-практических исследований по инфекционным и неинфекционным заболеваниям, в целях изучения факторов риска и их влияния на здоровье населения, а также - организация и осуществление образовательной деятельности Филиала;
- лабораторный комплекс, объединяющий 7 референс-лабораторий, отдел по отбору проб, управление менеджмента лабораторных исследований;
– административно-хозяйственный блок.

Аккредитация референс лабораторий испытательного центра, медицинской лаборатории, провайдера проверки квалификации

- подтвержден статус Национальной референс-лаборатории по полиомиелиту (комиссия ЕРБВОЗ);
- подтверждено высокое качество тестирования (100%-я правильность результатов) в международных программах ВОК по гриппу (Сингапур), полиомиелиту, вирусным гепатитам.

Лаборатории Филиала:

- осуществляют контроль безопасности окружающей среды и пищевой продукции с последующей оценкой биологических, химических и радиационных Рисунокков, а также выполняют программу внешней оценки качества лабораторных исследований, осуществляют мониторинг антимикробной резистентности патогенов, изучают и внедряют инновационные лабораторные исследования в практику здравоохранения (секвенирование, определение ГМО, остаточного количества антибиотиков, стероидных препаратов в пищевых продуктах; высокотехнологичные исследования объектов окружающей среды).
- подтверждено высокое качество тестирования (100%-я правильность результатов) в международных программах ВОК по гриппу (Сингапур), полиомиелиту, вирусным гепатитам.
- Референс-лаборатория по радиационной безопасности формирует базу данных индивидуальных доз облучения персонала группы «А». Также сотрудники лабораторий постоянно проводят организационно-методическую работу по совершенствованию деятельности территориальных лабораторий республики.
- Результаты исследований передаются в Комитеты и Департаменты МЗ РК, специалистам территориальных Департаментов охраны общественного здоровья, Управлений здравоохранения, а также - в Научные центры. Кроме того, в рамках межведомственного взаимодействия, информация направляется в Министерство сельского хозяйства - по общим зоонозным инфекциям, в Министерство энергетики - по радиационному фону и результатам химических исследований и в Министерство экологии - результаты исследований объектов окружающей среды.

Оперативные управления:

          На базе Филиала производится сбор и консолидация эпидемиологических, санитарно-гигиенических данных, которые позволяют проанализировать, оценить и прогнозировать ситуацию, определить возможные рисунки и меры реагирования по снижению их воздействия на здоровье населения и экологию. В настоящее время Филиал формирует единое информационное поле по санитарно-эпидемиологической ситуации в стране, путем мониторинга 60 инфекционных и неинфекционных болезней и по ежедневному сбору статистических данных от 247 участников системы - территориальных Департаментов и лабораторий МЗ РК и обработки более 1200 единиц информации.
          Следует отметить, что центральный банк информационных данных Филиала содержит материалы по 3-м основным направлениям:
          1-ое направление – информация по инфекционным и наиболее социально-значимым неинфекционным болезням. Эти данные используются в ходе эпидемиологического надзора, анализа и прогнозирования заболеваемости населения РК, выявления причин их возникновения и для разработки профилактических и противоэпидемических мероприятий.
          Особый раздел данных включает сведения по охвату населения вакцинацией против инфекционных болезней в разных возрастных и профессиональных группах; индивидуальные сведения по отказам от вакцинации; о резерве вакцин, соблюдении требований «холодового режима».
           2-ое направление - это мониторинг опасных факторов внешней среды по показателям биологической, химической, радиационной, токсикологической, электромагнитной безопасности. По результатам этих мониторингов определяется санитарно-эпидемиологическая значимость объектов инфраструктуры населенных пунктов (пищевые объекты, промышленные предприятия, радиационно-опасные объекты, водные объекты и др.).
           3-е направление - обеспечение биологической безопасности на территории Казахстана путем выявления и наблюдения за природными очагами особо-опасных инфекций (чумы, геморрагических лихорадок, сибирской язвы, клещевого энцефалита) и за территориями, которые находятся под постоянным эпидемиологическим и энтомологическим контролем. С 2003 года ведется Кадастр неблагополучных пунктов по сибирской язве и картографирование – определение границ природных очагов особо-опасных инфекций.